הוועידה הארצית מורכבת מצירים הנבחרים על-ידי ארגוני הר"י. מספר הצירים הנבחרים לוועידה הארצית הוא לפי מדד של 1:60. כל עודף מספרי מעל 60, העולה על 30, מקנה זכות לציר נוסף.

חברי הוועד המרכזי וחברי הוועד הפועל משתתפים כצירים בוועידה בזכויות מלאות, למעט מנכ"ל משרד הבריאות או נציגו, מנהל האגף למקצועות רפואיים במשרד הבריאות ונציג מנהלי בתי החולים.

הוועידה מתנהלת על-ידי נשיאות הוועידה, המוצעת על-ידי יו"ר הר"י מבין חבריה, ומאושרת על-ידי הוועידה.

הוועידה מתנהלת על ידי נשיאות הוועידה, המוצעת על ידי יו"ר הר"י מבין חבריה, ומאושרת על-ידי צירי הוועידה. חבר נשיאות הוועידה אינו רשאי להיבחר לוועדה המתמדת. נשיאות הוועידה פועלת על-פי כללי הנוהל שנקבעו בתקנון הר"י. במקום שאין הוראה בכללי הנוהל, תפעל נשיאות הוועידה על-פי שיקול דעתה ובהכרעת רוב חבריה. 

1. ארבעה חודשים, לפחות, לפני כינוס הוועידה תקבע המזכירות את מספר חברי הוועדה המכינה. על הוועדה המכינה לעבד ולנסח הצעות שיועלו לדיון בוועידה, ולהעבירן לעיון לצירי הוועידה, לא יאוחר משבועיים לפני כינוס הוועידה.

2. עם כינוס הוועידה, תעמוד הוועדה המכינה לבחירתה כוועדה מתמדת. הוועידה רשאית לאשר את הוועדה המכינה כוועדה מתמדת, לערוך בה שינויים כפי שייראה לה, ובלבד שתתחשב בהחלטתה במשקל היחסי של הארגונים בוועדה המתמדת ובכלל צירי הוועידה.

3. צירי הוועידה רשאים להציע, עד שלושה ימים לפני כינוס הוועידה, שינויים בהצעות להחלטה או בתקנון הר"י שעובדו על-ידי הוועדה המכינה, או להגיש הצעות החלטה חדשות, ובלבד שלא תתקבל שום הצעה שלא נוסחה והוגשה בכתב.

4. סיימה הוועדה המתמדת לדון בנושא והחליטה לאשר את ההצעה, תעבירהּ לאישור הוועידה הארצית.

5. לא תובא לוועידה להצבעה הצעה שלא עברה תחילה את עיון הוועדה המתמדת. הצעה שהוגשה על-ידי ציר בוועידה או על-ידי קבוצת צירים, ולא קיבלה את תמיכתם של 30% לפחות מחברי הוועדה המתמדת, תורד מסדר היום ולא תובא להחלטת הוועידה. על הוועדה המתמדת לנמק את הסיבה לדחיית ההצעה. הצעות לבחירת נושאי תפקידים בהר"י, למעט יו"ר הר"י, יובאו באמצעות הוועדה המתמדת בלבד.

6. הוועדה המכינה או הוועדה המתמדת, הכול לפי העניין, רשאיות, כדי להקל על עבודתן, לבחור מבין חבריהן או מבין צירי הוועידה ועדות משנה לכל עניין ודבר, ובלבד שכל ההצעות של ועדות המשנה יוחזרו לוועדה המתמדת לדיון ולניסוח.

7. לוועדה המתמדת סמכות שיורית לקבל כל החלטה הקשורה לוועידה הארצית.

הבחירות נערכות בפיקוח ועדת הבחירות, המונה חמישה חברים ונבחרת על-ידי וועד המרכזי שבעה חודשים לפני מועד הוועידה הארצית. חברי ועדת הבחירות אינם יכולים לכהן בתפקיד ביצועי אחר בהר"י או בארגונים, ואף לא כצירי ועידה. יו"ר ועדת הבחירות ייבחר על-ידי חבריה. החלטות ועדת הבחירות תתקבלנה ברוב קולות של המצביעים באותו עניין. במקרה של שוויון קולות, תהיה ליו"ר הוועדה זכות הכרעה.

ועדת הבחירות קובעת, לא יאוחר משישה חודשים לפני כינוס הוועידה, את מספר הצירים אשר ישוגר על-ידי הארגונים לוועידה, על-פי ממוצע סכום מסי החבר החודשי ששילם כל ארגון להר"י ב-12 החודשים שקדמו למועד ההחלטה. על החלטת ועדת הבחירות רשאי הארגון הנוגע בדבר או גזבר הר"י או ארגון אחר לערער בפני בית-הדין של הר"י בתוך שבועיים מיום החלטת ועדת הבחירות. בית-הדין של הר"י ידון בערעור בתוך חודש מיום קבלת הערעור, והחלטתו תהא סופית.

חברי ועדת הבחירות לוועידה ה ה-44 הינם: פרופ' רון אוסלנדר (יו"ר), ד"ר סמי גדליה, ד"ר אברהם ויסמן, ד"ר מיכל קאופמן, ד"ר יוסף-יוליאן ליבוביץ.